Le diagnostic des MICI repose sur un faisceau d’arguments cliniques. Les signes les plus fréquents sont des douleurs abdominales, une diarrhée (volontiers chronique) et des rectorragies.
Le tableau clinique s’installe le plus souvent progressivement, en quelques mois ; mais, dans 10 à 20 % des cas, le début est brutal.
Dans la maladie de Crohn, l’expression clinique dépend de la localisation de l’atteinte digestive ; les douleurs pouvant être diffuses en cas d’atteinte étendue de la maladie. La rectocolite hémorragique se caractérise quant à elle, par une diarrhée glairo-sanglante. Le médecin fera préciser le nombre de selles liquides, l’existence de selles nocturnes (voire d’une incontinence anale), le nombre de rectorragies, une éventuelle association à des faux besoins ou à des ténesmes (tension douloureuse, dans la région de l’anus avec sensation de brûlure et envie constante d'aller à la selle). Le médecin recherchera également des manifestations extradigestives, retrouvées chez 30 à 50 % des patients : arthralgies, conjonctivite, aphtose buccale…
Le risque d’événements thromboemboliques (embolie pulmonaire, thrombose veineuse profonde) est augmenté au cours des MICI.
L’examen clé est représenté par l’iléocoloscopie, qui permet à la fois de confirmer le diagnostic, d’apprécier la gravité et l’étendue des lésions, ainsi que de pratiquer des biopsies multiples.
L’histologie, bien que non spécifique, permet d’orienter fortement le diagnostic de MICI.
L’imagerie (scanner, IRM, échographie haute résolution) a une place déterminante dans le diagnostic, l’évaluation de l’étendue et de la sévérité de la pathologie, la détection de complications et pour le suivi sous traitement.
Côté biologie, sont utilisés le comptage des leucocytes, le dosage de la CRP (recherche d’un syndrome inflammatoire), la mesure de la calprotectine fécale (un marqueur de l’état d’inflammation de la muqueuse colique), ainsi que la recherche des anticorps anti-cytoplasme des polynucléaires neutrophiles de type périnucléaires (pANCA) dans la rectocolite hémorragique, et les anticorps anti-Saccharomyces cerevisiae (ASCA) dans la maladie de Crohn. Enfin, le médecin écartera les diagnostics différentiels possibles : colite infectieuse (début brutal), colite médicamenteuse (AINS surtout), colite ischémique, colite diverticulaire, colites associées aux maladies de système (lupus, maladie de Behcet…).
Les colites limitées au rectum doivent être distinguées, notamment, des infections sexuellement transmissibles : syphilis, Chlamydia, gonocoque, herpesvirus. Cela explique qu’en cas de première poussée, il soit recommandé de réaliser des coprocultures avec une recherche de Clostridium difficile.
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