Commençons par quelques rappels sur les coronavirus, qui n’avaient guère, pendant très longtemps, suscités un très grand intérêt en dépit de leur nombre.
Jusqu’à ce qu’émergent, entre 2002 et 2004, le SARS-CoV (également dénommé SARS-CoV-1), agent du syndrome respiratoire aigu sévère (plus connu sous l’acronyme SRAS), ayant débuté en Chine après la consommation dans un restaurant de civette palmiste masquée, et le MERS-CoV, à l’origine du syndrome respiratoire du Moyen-Orient, apparu en 2012 en Arabie Saoudite, dont l’animal vecteur est très probablement le dromadaire (ou chameau d’Arabie). Les coronavirus sont une immense famille de virus à ARN monocaténaire (à un seul brin).
Quatre genres sont connus pour infecter les mammifères, à savoir les alphacoronavirus (qui parasitent notamment les porcs, le chien et le chat), les bêtacoronavirus (dont font parties le SARS-CoV1, le MERS-CoV, le SARS-CoV2, ainsi que d’autres souches identifiées comme agents pathologiques chez le rat, la souris, le porc, le chameau et le cheval), les gammacoronavirus (surtout trouvés chez des oiseaux migrateurs) et les deltacoronavirus (identifiés depuis peu et isolés préférentiellement chez des oiseaux, mais trouvés aussi chez le porc).
Avant l’identification récente des trois virus induisant des pneumopathies chez l’homme, on ne connaissait qu’une poignée de coronavirus induisant dans notre espèce seulement des rhumes courants (peut-être jusqu’à 30% du total de ces derniers).
A la recherche du patient zéro
D’où vient précisément le virus du Covid-19 ? Ce qui est certain, c’est que le nouveau coronavirus a émergé du monde animal et en Chine, pays où les marchés d’animaux vivants (ventes légales et illégales) sont une tradition bien ancrée.
Dès le départ de l’épidémie, le regard s’est porté sur le marché de gros de Wuhan (province de Hubei) où se vendent à la fois des produits de la mer, des oiseaux, des chauves-souris, serpents, marmottes et sans doute d’autres animaux sauvages vivants, dont les pangolins.
Selon une étude parue en janvier dernier dans The Lancet, 27 des 41 premiers patients hospitalisés auraient fréquenté ce marché… ce qui ne signifie pas néanmoins que les premières infections n’auraient pas pu être contractées ailleurs et que ce marché n’aurait pas simplement joué un rôle d’amplificateur.
Cela étant, les données mettent aussi en évidence un cas identifié dès le 17 novembre et des travaux phylogénétiques conduisent même à remonter à octobre, voire septembre 2019.
Le rôle de certaines chauve-souris… mais pas que
Les pneumopathies induites par les trois coronavirus évoqués sont toutes des zoonoses, tout comme le sida et plus près de nous le virus Ebola (transmis semble-t-il la première fois à un enfant par une chauve-souris insectivore), il ne faut pas l’oublier.
Ni que depuis le Sida, la plupart des épidémies humaines mortelles des 40 dernières années ont comme socle commun un « binôme » virus-animal. En matière biologique, l’Histoire a tendance à se répéter…
L’attention s’est très vite focalisée sur les chauves-souris, connues pour héberger, apparemment sans dommages pour elles (elles possèdent un système immunitaire extrêmement puissant) de très nombreux virus (dont plusieurs centaines de types de coronavirus), qui sont les seuls mammifères volants, ce qui ne peut qu’être favorable à la dissémination virale ; le fait que ces animaux vivent volontiers en colonies très nombreuses et denses, avec beaucoup d’interactivité entre elles, ne pouvant que faciliter les recombinaisons génétiques des agents infectieux.
Problème de taille néanmoins : jusqu’à maintenant on n’a pas isolé de SARS-CoV2 chez une chauve-souris, mais au mieux chez l’une d’elles en 2013 dans le Yunnan (province frontalière du Viêt Nam et du Laos, dans les jungles du Nord desquels vivent de nombreux pangolins…), relié par chemin de fer avec la ville de Wuhan, un virus (RaTG13) présentant 96 % de similarité. De plus ce type de chauves-souris ne fait pas partie des espèces les plus consommées.
Autre problème : un saut d’espèce suppose des contacts fréquents.
Quid du pangolin, de la civette… et des autres ?
Il semble logique de penser qu’un rôle important soit dévolu à un hôte intermédiaire entre la chauve-souris et l’espèce humaine. Mais lequel ?
En février dernier a surgi un candidat avec le pangolin, un mammifère fourmilier à écailles, massivement braconné, dont la chair est très appréciée en Asie.
Deux nouveaux problèmes : un virus isolé à partir de cet animal ne présente que 91% de similarité avec le SARS-CoV2 (mais les séquences d’acides aminés permettant aux virus de se fixer sur les cellules sont, de manière troublante, identiques) et on imagine mal comment à l’état sauvage ces deux espèces aux habitats différents auraient été susceptibles de se rencontrer.
Une hypothèse a été avancée : des recombinaisons génétiques rendues possibles par la promiscuité imposée entre pangolins et chauves-souris dans le cadre de trafics d’animaux sauvages. Néanmoins, il ressort de travaux récents que le pangolin ne serait pas obligatoirement un passage obligé…
Le nouveau suspect qui tient la corde pour l’instant est… la civette, qui avait occupé un rôle clé dans le démarrage de l’épidémie de SRAS en 2002.
Mais les choses ne s’arrêtent pas là et d’autres candidats se profilent, parmi lesquels le chien viverrin (ou chien raton laveur, originaire d’Asie de l’Est), le blaireau et autres furets, sans parler des cochons, poules et canards.
Affaire à suivre…
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