La surveillance des variants du SARS-CoV-2 repose sur deux piliers : le criblage par RT-PCR pour détecter les variants déjà connus et le séquençage génomique complet pour repérer l’émergence et la diffusion de nouveaux variants.
Peu mobilisée sur ce dernier aspect en 2020, la France n’avait alors à son actif que 2 000 séquençages. Mais depuis l’apparition du variant Alpha au Royaume-Uni, pays en pointe sur le séquençage, la France a mis les bouchées doubles. Au 28 juin, elle a réalisé plus de 79 000 séquençages dont près de 50 000 déposés sur la base de données GISAID. « Au début de la pandémie, on ne pensait pas que les mutations auraient un impact si important, pas même l’OMS », rappelle Yazdan Yazdanpanah. Le président de l’ANRS-Maladies infectieuses émergentes souligne aussi que fin 2020, aucun pays ne s’était doté d’un dispositif de séquençage spécifique à l’exception du Royaume-Uni, « parce qu’il existait déjà pour d’autres maladies », et du Danemark « en raison des problèmes de mutations dans les fermes de visons ».
Depuis, les ministères de la Santé et de la Recherche ont confié à Santé publique France et à l’ANRS-MIE, en janvier 2021, la mission de créer le consortium Emergen* à des fins de recherche et de surveillance. Objectif : caractériser, décrire et suivre la circulation des variants du SARS-CoV-2 en s’appuyant sur les deux plateformes de séquençage des centres nationaux de référence (CNR), ainsi que sur les deux plateformes de virologie de l’AP-HP et de l’AP-HM. S’y ajoutent une quarantaine de laboratoires de virologie hospitaliers et les laboratoires privés capables de séquençage sont désormais appelés à se joindre au réseau dans le but de « doubler les capacités », indique Bruno Coignard, directeur des maladies infectieuses à Santé publique France.
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En pratique, explique Bruno Lina, virologue et membre du Conseil scientifique Covid-19, le séquençage se fait à partir de prélèvements issus de tests PCR positifs qui contiennent suffisamment de matériel génétique, ce qui en exclus un certain nombre. Avec des étapes incompressibles qui demandent en moyenne cinq jours de travail pour un séquençage complet. C’est grâce à cette organisation que les enquêtes flash sur les variants, désormais hebdomadaires, ont pu être mises en place, ainsi que des opérations spécifiques sur des clusters et des recherches ciblées.
« Début 2021, nous séquencions 2 à 3 % des tests PCR positifs, nous dépassons les 15 % depuis fin juin. Selon les recommandations de l'ECDC (Centre européen de contrôle et de prévention des maladies – NDLR), les pays doivent pouvoir détecter un variant émergent même lorsque le signal est très faible, présent chez 1 % des patients infectés. Nous avons cette capacité au niveau national. Mais nous devons améliorer la fourniture des prélèvements qui est inégale selon les régions. Nous y travaillons, en particulier avec l’Outre-mer », précise Bruno Coignard. Au final, la France apparaît désormais dans le top 10 des pays les plus contributeurs à la plateforme GISAID.
* Consortium pour la surveillance et la recherche sur les infections à pathogènes EMERgents via la GENomique microbienne.
D'après un point presse du 30 juin dernier organisé par Santé publique France et l'ANRS-Maladies infectieuses émergentes.
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