Nasopharyngé ou salivaire : quel test privilégier ?

Dans un avis récent, l’Académie de médecine rappelle que les quantités de virus SARS-CoV-2 les plus élevées se trouvent dans les voies aériennes inférieures et supérieures, c’est pourquoi les tests utilisent de préférence les prélèvements nasopharyngés et salivaires. Quand faut-il privilégier l’un plutôt que l’autre ?

Après un rappel sur la méthode de recueil d’un échantillon de salive ou de sécrétion nasopharyngée, et notamment les difficultés que peuvent rencontrer les « préleveurs » dans ce dernier cas en raison de possibles variations de l’anatomie nasale (déviation du septum, hypertrophie du cornet nasal supérieur, polypes, intervention chirurgicale nasale ou sinusienne passée), l’Académie nationale de médecine différencie les types de tests à effectuer en fonction du but recherché.

Ainsi, lorsque l’objectif est de confirmer le diagnostic d’infection par le SARS-CoV-2, « le prélèvement nasopharyngé suivi d'une RT-PCR reste la méthode de référence, à privilégier dans toutes ces indications et chaque fois que le résultat d'une autre technique laisse subsister un doute ou se trouve en désaccord avec la clinique ». Néanmoins, le prélèvement salivaire – par crachat dans un récipient stérile ou par pipetage sublingual – suivi d’une RT-PCR reste « une alternative très utile lorsque le prélèvement nasopharyngé s'avère difficile, voire dangereux », dès lors qu’un certain nombre de précautions ont été mises en place pour en garantir la qualité : la personne prélevée ne doit pas avoir mangé, ni bu, ni fumé depuis une demi-heure. En France, la Haute Autorité de santé (HAS) l'a recommandé pour les personnes chez lesquelles le prélèvement rhinopharyngé est difficile comme les jeunes enfants, les personnes âgées ou les déficients mentaux. « Malheureusement, sa pratique reste encore marginale en raison des contraintes techniques pré-analytiques et d'une sensibilité estimée inférieure à celle du prélèvement nasopharyngé par la HAS, mais considérée comme équivalente par d'autres méta-analyses. »

Lorsque le test est à visée épidémiologique, c’est-à-dire que l’objectif est d’identifier des chaînes de transmission en aval et en amont des cas confirmés pour les interrompre, le prélèvement salivaire a toute sa place en première intention de par sa simplicité et sa meilleure acceptabilité. En effet, le suivi de la circulation du SARS-CoV-2 et de ses variants impose de « tester avec une périodicité rapprochée des échantillonnages représentatifs de populations régionales, départementales, locales, correspondant à des groupes d'activité (hôpitaux, entreprises, écoles) ou à des collectivités (EHPAD, USLD, établissements médico-sociaux, prisons) ».

Seule ombre au tableau : l'analyse par RT-PCR requiert un délai de réponse minimum de 24 heures. L’Académie appelle donc au développement de nouvelles techniques permettant de rendre un résultat rapide, comme « le système d'amplification isothermique utilisable sur système intégré sans extraction d'ARN, la RT-LAMP (Loop-mediated isothermal Amplification) » qui peut fournir un résultat en 60 minutes. Ou comme la « version LAMP-seq », qui prévoit « l'adjonction d'un système code-barres affecté à chaque échantillon », ce qui permet « d'analyser, en une même étape d'amplification, un mélange de plusieurs centaines à plusieurs milliers d'échantillons ». Une méthode « rapide et peu onéreuse » idéale pour les activités de dépistage de masse, « mais pas encore validée », regrette l’Académie.