En parallèle, au 21 février, 59 co-infections Delta/Omicron probables ont été identifiées, selon l'analyse de risque des variants de SPF datée du 23 février. Sept cas chez des patients immunocompétents et épidémiologiquement non apparentés sont détaillés dans une étude française prépubliée sur « MedRxiv ». « Ces co-infections ont été détectées par des tests PCR ciblant les mutations du gène S K417N et L452R et confirmées par le séquençage du génome entier », expliquent les auteurs, insistant sur « la nécessité d'efforts continus pour maintenir une surveillance génomique efficace des infections et co-infections. »
Ces cas de co-infections font l’objet d’une surveillance attentive à l’échelle internationale. En France, un suivi renforcé a été mis en place par SPF en collaboration avec le Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires et les laboratoires du consortium Emergen.
Des recombinaisons fréquentes chez le Sars-CoV-2
Favorisées par la circulation concomitante de différents variants, ces co-infections peuvent donner lieu à des phénomènes de recombinaison : « Dans une cellule infectée par deux souches virales, des échanges de matériel génétique entre les virus peuvent se produire ; le recombinant issu de cet évènement possède donc un génome "mosaïque", une partie de son génome correspondant au génome de la première souche et une autre partie correspondant au génome de la seconde souche », explique SPF.
Ce phénomène de recombinaison est fréquent chez le Sars-CoV-2. En 2021, un recombinant entre Alpha et Delta a été identifié au Japon et un recombinant Bêta/Delta en Chine. Une étude américaine réalisée sur 1,6 million de génomes du Sars-CoV-2 a identifié 2,7 % de recombinants, poursuit SPF, précisant que, dans la majorité des cas, « les deux souches d’origine sont proches et le recombinant présente un profil similaire aux souches parentales ».
L’augmentation avec le temps de la divergence génétique entre les différents lignages du virus a rendu les recombinaisons plus facilement identifiables, « car issues de variants plus divergents », mais « il peut être complexe de distinguer une co-infection par deux variants différents d’une infection par un nouveau recombinant, et plusieurs détections de recombinants se sont révélées être de fausses alarmes », poursuit SPF.
Mais désormais, plusieurs suspicions de recombinant Delta/Omicron ont été rapportées récemment au Royaume-Uni, aux États-Unis ou en Australie. En France, ce recombinant a été détecté la première fois le 18 février, notamment au cours d'enquêtes Flash.
Des analyses complémentaires sont en cours pour confirmer ces résultats. De même à l’international, des investigations sont en cours, selon SPF, qui juge encore difficile de « prédire quelles seront les caractéristiques d’un tel recombinant par rapport aux deux variants parentaux et d’anticiper son impact en santé publique ».
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